De Slesvigske Krige var også søkrig
Flådens hovedopgaver under De slesvigske Krige var at blokere fjendens havne og samarbejde med hæren. Troppetransporter mellem landsdelene var særligt betydningsfulde, og flådens indsats fik stor betydning for hærens bevægelsesfrihed. Teknisk set var årene mellem de slesvigske krige en brydningstid for flåden, hvor de ældre sejlskibe blev ombygget med dampmaskine, skibsskrue og riflet skyts.
Sejr ved Helgoland
I 1849 gennemførte flåden en storstilet omgruppering af hæren fra Mols til Fredericia, hvilket gav mulighed for hærens sejrrige udfald fra Fredericia den 6. juli. Da Det Tyske Forbund gik med i krigen, blev flåden beordret til at blokere de fjendtlige havne i Østersøen og Nordsøen. Blokaden af de tyske havne var med til at fremtvinge en tysk stemning for våbenhvile i juli 1849 og fred med Preussen et år senere. Krisen omkring Slesvig-Holstens fremtid var dog ikke afgjort, og krigen brød atter ud i 1864.
I 1864 var flådens største udfordring at modgå en eventuel østrigsk indsats. Den relativt store østrigske Adriaterhavsflåde sendte således en eskadre større skibe til Nordsøen for at bryde den danske blokade. Den danske og østrigske eskadre mødtes ved Helgoland den 9. maj 1864, og resultatet var en taktisk og moralsk dansk sejr. Da hæren imidlertid led nederlag ved Dybbøl, blev en våbenhvile indgået få dage efter Helgolandsslaget. Trods flådens indsats indebar krigen i 1864, at Danmark måtte afstå Slesvig, Holsten og Lauenborg til Det Tyske Forbund.
Ny teknologi: Damp
Under slaget ved Dybbøl understøttedes den danske hær af panserbatteriet ROLF KRAKE. Skibet var indkøbt i Glasgow i 1863 og var et pansret jernskib, bestykket med fire kraftige kanoner i to drejelige pansrede tårne. Sejlene fungerede som reservefremføring, hvis dampkraften svigtede, og ROLF KRAKE indledte således en helt ny teknisk æra for den danske flåde.
Den 9. maj 1864 mødte de østrigske dampfregatter SCHWARZENBERG og RADETZKY samt tre preussiske dampkanonbåde med den danske Nordsøeskadre bestående af dampfregatterne NIELS JUEL og JYLLAND og dampkorvetten HEIMDAL . Efter en times kamp fik dampfregatten SCHWARZENBERG ild i riggen og østrigerne fortrak ind på neutralt, britisk farvand under Helgoland. Slaget ved Helgoland var det sidste søslag i linieformation, udkæmpet med store træskibe.