Borgerkrig og religionskrig
I begyndelsen af 1500-tallet genlød Europa af krige med religion som epicenter. Katolikker sloges indædt mod protestanter, og magtsyge konger kæmpede om troner. I Norden rasede der borgerkrige fra Stockholm til København, over Fyn og til Nordjylland.
Blodbad i Stockholm og jysk oprør
I 1513 blev Christian 2. dansk-norsk konge. Hans magtposition var dog langtfra sikker. Svenskerne nægtede at vælge ham som konge, og da det endelig i 1520 lykkedes ham at underlægge sig Sverige, begik han en grufuld fejl. Ved kroningsceremonien lod han mere end 80 af sine tidligere modstandere henrette i en hævnrus. Det udløste et massivt oprør mod den nye konge. I 1523 mistede kong Christian den svenske krone til oprørernes leder, den adelige Gustav Vasa.
Det Stockholmske Blodbad resulterede også i, at adelen i Jylland gjorde oprør mod den magtsyge og utilregnelige konge. De opsagde deres troskabsed til Christian 2. og udråbte i stedet hans farbror, hertug Frederik af Slesvig og Holsten, til kong Frederik 1. I 1531 gjorde Christian 2. et forsøg på at tilbageerobre tronen. Det mislykkedes dog for ham, og Frederik 1. smed ham i fængse
Grevens Fejde
Da Frederik 1. døde i 1533, kunne rigsrådet ikke enes om at vælge en ny konge. Den protestantiske del af den jyske adel ville have Frederik 1.s søn, den protestantiske hertug Christian af Slesvig og Holsten. Ham ville katolikkerne absolut ikke støtte. Borgerne i København og Malmø ville have Christian 2. tilbage. Han sad stadig i fængsel, men de overtalte grev Christoffer af Oldenburg til at kæmpe i hans sted. Samtidig samlede Christian 2.s tidligere søofficer Skipper Klement de jyske bønder til oprør mod adelen. Derved blev adelen i Jylland tvunget til at enes om at støtte hertug Christian. Borgerkrigen var en kendsgerning.
15. oktober 1534 slog Skipper Klement og bønderne den jyske, adelige hær ved Svenstrup og forskansede sig i Aalborg. I december nåede hertug Christians lejesoldater til Aalborg og stormede byen. Over 1.000 blev dræbt og bøndernes oprør kvalt. Skipper Klement blev henrettet.
Reformationen skaber ro
Borger- og reformationskrigene fik en ende med Christian 3. Da han havde erobret tronen i 1536, var han ikke sen til at gennemføre reformationen i hele riget. Det betød ikke kun en ny trosretning, men medførte mange forandringer. Ikke mindst blev kongens magt øget gevaldigt. Kirken havde før reformationen haft enorme jordbesiddelser. De blev nu lagt ind under kronen. Dermed blev kongens økonomi mere stabil, og han kunne fordele jorden som len til de loyale rigsråder. Man gik en roligere periode i møde. Da Christian 3. døde i januar 1559, blev vagten omkring hans gamle ærkerival skærpet. Den 78-årige Christian 2., som stadig sad fængslet, døde dog blot tre uger senere.