Gratis og offentligt
Når pioneren C. J. Thomsen senere så tilbage på den første tid i museets historie, og de vanskeligheder, dette og medarbejderne havde gennemgået, var det dog i højere grad samlingernes ve og vel end det arkæologiske fag som sådan, der optog ham.
Fra kirkeloft til kongeligt palæ
Kritikere havde sarkastisk hævdet, at ”det hele museum kunne gemmes i en skuffe”, mere var der vel ikke. Men ved 1800-tallets midte var man tæt på Münters og Thomsens drøm. Dele af det gamle Kunstkammer var indlemmet i ”Thomsens Museum”, den etnografiske samling var gradvist blevet overflyttet til museets nye lokaler i Prinsens Palæ i slutningen af 1840´erne og Antiksamlingen kom til i 1851. Oldsagerne fra det gamle museum på Trinitatis kirkeloft overflyttedes fra Christiansborg, hvor de havde befundet sig siden 1832, til Palæet i 1855. Den kgl. Mønt og Medaljesamling blev ikke inkorporeret i museet før 1867, to år efter Thomsens død.
Et guldaldermuseum
Nationalmuseet, hvis samlingers oprindelse skal søges i store private samlinger - kongers, fyrsters, adeliges og borgeres - havde sit ideologiske bagland forankret i oplysningstiden. Nationalromantikken gav museet sin særlige farve. Den periode, hvor Thomsen var museets bestyrer, kaldes Guldalderen, og fandt sin afslutning med treårskrigen 1848-1851. Det var en periode præget af katastroferne i 1801 og 1807, statsbankerotten og tabet af Norge, men det var også en tid, hvor kunst, videnskab og kultur blomstrede. Mange af Danmarks kendteste bidrag til verdenslitteraturen og kunsten kommer fra digtere, forfattere og filosoffer, der dagligt betrådte Københavns brolagte gader samtidig med Thomsen. Det var også naturvidenskabsmanden H.C. Ørsteds tid.
Danne og uddanne - oplyse og opdrage
Tanken om, at museet skulle være offentligt, og adgangen gratis, var i centrum fra begyndelsen. Med ideen om et Nationalmuseum fulgte håbet om, at den uvidende befolkning, der som bønder og tjenestepiger var blevet latterliggjort af Ludvig Holberg i århundredet før, kunne løftes op på et højere moralsk trin, og hjælpes til en bedre adfærd. Museet skulle altså både danne og uddanne, oplyse, men også opdrage.