Christian Jürgensen Thomsen
I 1816, efter ni års virke, havde den efterhånden 60-årige Rasmus Nyerup ansøgt kongen om sin afsked. Andre opgaver trængte sig på, og kommissionen måtte se sig om efter en ny sekretær.
Modstand fordi C. J. Thomsen ikke var akademiker
Valget faldt til ny sekretær for Oldsagskommissionen faldt på Christian Jürgensen Thomsen (1788-1865), en købmandssøn fra Københavns borgerskab. Det var et overraskende valg, idet Thomsen helt og aldeles manglede den akademiske baggrund.
Da Thomsen blev ansat som Oldsagskommissionens sekretær i 1816 udtalte Frederik Münter, at ”det kommer jo ikke an på, hvorfra man har sin kundskab, men om man har den.” – Modstanden mod ansættelsen havde ellers været stor, men tiden beviste, at Münters vurdering var rigtig. I et brev fra 1823 til en tysk kollega, kalder Münter Thomsen for ”selve Oldsagskommissionens Sjæl.”
"nytten af at indsamle og genopstille genstande"
Den unge Thomsen havde nogle kvaliteter, der måske var mere anvendelige end doktorgrader. Som helt ung havde han stiftet bekendtskab med flere af de store private samlinger, der havde tilhørt nogle af 1700-tallets store mænd. Han havde lært betydningen og nytten af at indsamle og genopstille genstande og kunstværker, som han selv senere formulerede det. Sammen med andre unge mænd foretog Thomsen rejser til fods gennem landet, hvorigennem han fik et glimrende overblik over landets monumenter og mindesmærker fra fortiden. Senere fortog han rejser til udlandet, bl.a. for at studere museerne her.
Kun få år efter sin tiltræden som Oldsagskommissionens sekretær fik Thomsen endnu en kommissionspost, nemlig som medlem af en kommission, der skulle forsøge at ordne forholdene ved Det Kongelige Kunstkammer. Selv om denne anerkendelse først og fremmest skyldtes Thomsens fortræffeligheder, var det tillige håbet, at man i længden kunne forene Kunstkammeret med det nye museum.
C. J. Thomsens buste på Verdensudstilling
Så stor blev museumsmandens berømmelse, at hans buste var udstillet på Verdensudstillingen 1867 i Paris. Forfatteren H.C. Andersen besøgte Verdensudstillingen, og konstaterede ikke uden stor fortrydelse, at hans egen buste manglede. I ”Mit Livs Eventyr” skriver Andersen: ”Mange Fremmede havde spurgt efter mit Billede eller min Buste, men her fandtes ingen. Det var imidlertid ikke Udstillings-Comiteens Skyld. Præsidenten, Kammerherre Wolfhagen fortalte mig, at han gjentagne Gange havde skrevet til Kjøbenhavn og særligt forlangt to Buster, een af afdøde Konferensraad Thomsen, Oldgranskeren, og een af H. C. Andersen. Hjemme fra blev svaret, at de to forlangte Buster ikke existerede i Marmor; de bleve da forlangte i Gips, og der sendtes Thomsens..”
"Thomsen var glad som et Barn"
H.C. Andersen og Thomsen var ganske gode bekendte, og Andersen opsøgte allerede i 1830 Thomsen i København for at få ham til at gøre noget for bevaringen af ruinerne af Koldinghus. De to herrer havde også opholdt sig Rom samtidig. Om Thomsens glødende interesse for museer skriver H.C. Andersen i sin dagbog for 1. juni 1846 fra en af deres udflugter:
”Tidligere i Dag var jeg med Engelhardt og Thomsen i Musæet og saae Marmor-Statuerne og Bronzerne, disse sidste ere de første i Verden, Thomsen var glad som et Barn, klappede Kustoderne, der igjen vilde kysse hans Hænder”
Museet, som de to venner besøgte, var museet i Napoli, hvor H.C. Andersen i øvrigt fik et ildebefindende. Adskillige gange under deres ophold i Rom måtte Thomsen følge den yngre Andersen hjem, når denne følte sig dårlig.