Nationalmuseet giver i kraft af sin status som sektorforskningsinstitution (ABM-Institution) mulighed for at gennemføre en forskeruddannelse og opnå en ph.d.-grad i samarbejde med universiteterne efter de bestemmelser der findes i Bekendtgørelse nr. 18 af 14. januar 2008 om ph.d.-graden samt i Vejledning til Bekendtgørelsen, begge fra Ministeriet for Forskning, Innovation og Videregående Uddannelser.

På de forskellige universiteter findes desuden en række supplerende bestemmelser, som de enkelte fakulteter har formuleret for hvert deres område.

Se Københavns Universitet; Aarhus Universitet; Syddansk Universitet; Roskilde Universitet; Danmarks Tekniske Universitet; Konservatorskolen og Aalborg Universitet.

De forskerstuderende er indskrevet ved de forskellige universiteters ph.d.-skoler med en hovedvejleder her og har desuden en eller flere interne vejledere på Nationalmuseet inden for de relaterede forskningsområder.

Se Nationalmuseets ph.d.-projekter.