Nationalmuseets samling omfatter også fire gamle skibe. Fyrskibet Gedser Rev skal på værft, hvorfor det ikke er muligt at besøge skibet i år.

Galeasen Anna Møller er hjemmehørende i Nyhavn.  I de senere år har Anna Møller været sejlet og vedligeholdt af et skibslaug med en gruppe frivillige, der sommeren igennem deltager i forskellige sejladsarrangementer, så skibet holdes funktionsdygtigt og præsenteres rundt om i landet.

Bonavista er en skonnert. Skibet har netop gennemgået en støre renovering i Marstal, hvor den i sin tid blev bygget.

Sluppen Ruth er i dag hjemhørende i Vikingeskibsmuseets museumshavn i Roskilde. Skibet sejles og vedligeholdes af en gruppe frivillige, der hver sommer sejler rundt i de danske farvande.

Fulton er Nationalmuseets lejrskoleskib, men kan også chartres på daglig basis af foreninger, firmaer og lignende.